Argumento: La ballena Willy ha vuelto, esta vez se encuentra amenazada por balleneros illegales que buscan vender carne para sushi. Jesse, ahora un muchacho de 16 años, trabaja en un barco de investigación sobre orcas junto a su viejo amigo Randolph y a Drew, un científico. Max es el hijo del capitán del barco ballenero al que no le agrada el oficio de su padre y que gracias a Willy entablará amistad con Jesse, al darse cuenta que las ballenas son algo más que comida.
